او به دانشکده اقتصاد صنعتی دانشگاه اقتصاد در پراگ رفت و در سال 1987 از این دانشگاه فارغ‌التحصیل شد. وی پس از تغییر ساختار سیاسی در شرکت چک ایمپرومات مشغول به کار شد. این شرکت وارد‌کننده و فروشنده دستگاه‌های فتوکپی شرکت ژاپنی ریکو بود. کلنر در طول کار در این شرکت با میلان مادریک (در حال حاضر رییس هیات مشورتی چسکا پوجیستوونا) و میلان وینکلر آشنا شد.
پتر کلنر در سال 1991 و پس از تحول اقتصادی و رفتن چک به سمت خصوصی‌سازی، صندوق سرمایه‌گذاریPPF ارا به همراه مادریک و وینکلر تاسیس کرد و رییس و مدیرعامل این شرکت شد. در سال 1992 ماهیت نام این شرکت از خصوصی‌سازی به سرمایه‌گذاری تغییر کرد.
PPF بسیار موفق ظاهر شد و سهام بیش از 200 شرکت با ارزش زیر 5 میلیارد را در سرتاسر چک خریداری کرد. این گروه از زمان تاسیس تبدیل به بزرگ‌ترین شرکت سرمایه‌گذاری چک و یکی از گروه‌های مهم مالی در جمهوری چک شده است.
این گروه همچنین یکی از بزرگ‌ترین گروه‌های مالی و سرمایه‌گذاری بین‌المللی و در منطقه اروپای شرقی است. تا ژوئن سال 2009 سرمایه‌های تحت مدیریت گروه PPF بیش از 10 میلیارد یورو تخمین زده شده بود. این گروه بر خدمات مالی خرد (مثل بانکداری و بیمه)، سرمایه‌گذاری خصوصی و سرمایه‌گذاری در املاک متمرکز شده است. PPF به دنبال فرصت‌های سرمایه‌گذاری در بازار‌های در حال توسعه اروپای مرکزی و شرقی، روسیه و شرق دور است. این گروه کسب‌وکار خود را بر پایه تخصص‌گرایی، ثبات، مسوولیت‌پذیری، انعطاف‌پذیری و اعتبار بنا کرده و فرهنگ سازمانی آن بر پایه سنت،‌ تجربه، لیاقت بالا و وفاداری کارکنان است.
PPF در سال‌های 1995 و 96 با خرید 20 درصد از سهام بزرگ‌ترین شرکت بیمه چک، چسکا پوجیستوونا، مدیریت آن را در دست گرفت. PPF بعدها سهام بیشتری از این شرکت را خرید؛ به طوری که در سال 2001 مالک 93 درصد سهام این شرکت بود. چسکا پوجیستوونا در زمینه فراهم کردن خدمات بیمه برای مشتریان کوچک، متوسط و بزرگ در حوزه صنعتی و کسب‌وکار فعالیت می‌کند. این شرکت در حال حاضر با بیش از 4100 کارمند و 6000 نماینده در 29 شعبه شرکت در بیش از 3000 نقطه فروش به مشتریان خدمت ارائه می‌کند. سابقه این شرکت به سال 1827 و زمانی که نخستین شرکت بیمه چک در پراگ تاسیس شد، باز می‌گردد.
PPF همچنین در سال 2001 بخش بزرگی از سهام کومرچنی بانکا را خرید. این بانک یکی از بانک‌های اصلی جمهوری چک است که به بیش از 5/1 میلیون مشتری در بیش از 350 شعبه خود خدمت ارائه می‌کند. کومرچنی بانکا در سال 1990 تاسیس و در سال 92 خصوصی شد. با کمک این فعالیت‌های سود آور سهام آخرین سرمایه‌گذاران خصوصی شرکت نیز خریده شد و پتر کلنر تبدیل به مالک عمده گروه PPF شد به شکلی که تا سال 2007 او مالک بیش از 94 درصد سهام این گروه بود. PPF در سال 2007 قرار دادی با گروه آسیکورازیونی جنرالی (Assicurazioni Generali)، بزرگ‌ترین شرکت بیمه در ایتالیا و یکی از بزرگ‌ترین شرکت‌های بیمه اروپا، برای ایجاد شرکتی مشترک بین شرکت بیمه PPF و این گروه در جمهوری چک، اسلواکی، لهستان، مجارستان، رومانی،‌ بلغارستان، اوکراین، ‌روسیه، صربستان،‌ اسلوونی، کروواسی، بلاروس و قزاقستان امضا کرد. به این شکل، PPF مالک 49 درصد شرکت شده و جنرالی متعهد به پرداخت مبلغ 1/1 میلیارد یورو به PPF شد و پتر کلنر به عضویت هیات‌مدیره جنرالی در آمد.
پتر کلنر در سال 2000 مبلغ 160 میلیون دلار در تلویزیون معروف چک نووا سرمایه‌گذاری کرد. قبل از او میلیاردر آمریکایی رونالد لودر می‌خواست این تلویزیون را بخرد. کلنر کمی پس از خرید این تلویزیون، آن را به رونالد لودر با سود خالص قابل توجهی فروخت. کلنر همچنین اخیرا یک مدرسه استعدادهای درخشان و کودکان نابغه تاسیس کرده است.
مجله فوربز ثروت خالص PPF در سال 2006 را در حدود سه میلیارد دلار تخمین زده بود. او یک هواپیمای خصوصی گلف استریم جی 500 دارد و ساکن وران ناد ولاتاوو است. کلنر ازدواج کرده و 4 فرزند دارد. خانه کلنر را یکی از معروف‌ترین معمارهای چک ساخته است. او اولین فرد چک است که در لیست میلیاردر‌های فوربز قرار گرفته است.